Ukształtowanie powierzchni
Bartoszyce leżą na terenie Równiny Sępopolskiej, która wchodzi w skład Równiny Staropruskiej. Miasto jest położone w rozległym obniżeniu wysoczyzny morenowej płaskiej, którą przecina dolina rzeki Łyny. W otoczeniu miasta rzeźba terenu jest pagórkowata z licznymi oczkami wodnymi w obniżeniu terenu.

Gleby
Na obrzeżach Bartoszyc dominują gleby urodzajne, kompleksu przennego dobrego. Wykształcone głównie na glinach lekkich, lokalnie zalegających na glinach średnich. W północnych rejonach miasta występują iły pylaste. Sa to gleby III i IV klasy bonitacyjnej.

Lasy
Największym kompleksem leśnym na terenie miasta jest las miejski położony w pobliżu rzeki Łyny. Przewarza drzewostan mieszany z dominacją sosny i brzozy.

Wody powierzchniowe
Teren miasta i okolic leży w zlewisku Łyny i jej dopływów. Łyna jest głównym elementem sieci hydrograficznej. To największa rzeka w Województwie Warmińsko-Mazurskim.

Warunki klimatyczne
Średnia temperatura w roku wynosi 6,9 0C. Wilgotność względna na terenie Bartoszyc wynosi 82%. Zachmurzenie średnie roczne jest jedną z niższych wartości na terenie województwa.

Rejon Bartoszyc charakteryzuje się roczną sumą opadów wynoszacą średnio 538 mm. Pod względem nasłonecznienia teren jest stosunkowo jednorodny. W rejonie miasta przeważają wiatry z kierunku południowo-zachodniego i wiatry zachodnie.